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Chang liver、U87、E006AA:苏州鉴达细胞鉴定(Cell Line Authentication)预警系列11日期:2022-02-24

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众所周知,PubPeer是一个鼓励同行匿名对已发表的学术论文进行评论的网站,评论内容可以是批评、质疑、改进建议等。从建立之初到现在,PubPeer已经成为揭露学术论文抄袭、剽窃、造假等学术不端问题的主要阵地。在PubPeer论文评论中,同行质疑细胞株身份的内容,近几年逐渐增加。

本次预警系列将为大家讲述上榜PubPeer的三株问题细胞--Chang liver、U87、E006AA,希望能帮助大家增加对这三株细胞株的认识、提示大家避免错用。目前,三株细胞在ExPASy数据库(Version 40 (December 2021))中都已经明确标注为问题细胞。


1

Chang liver
最初的Chang liver于1954年从非恶性的人肝组织中获得,来源于肝窦内皮细胞。此后Chang liver广泛应用于病毒学、生化和恶性肿瘤相关的转移研究。但在1968年,S M Gartler发表文章指出,Chang liver已被HELA污染;2001年有文献报道,Chang liver的STR分型结果与HELA一致,进一步证实了S M Gartler的观点。在各数据库中,不只ExPASy将Chang liver标注为问题细胞,ICLAC也将其列入“The Register of Cross-Contaminated/Misidentified Cell Lines”,而DSMZ则更为直接地对其命名为“HeLa [Chang Liver]”。

chang liver str.png

(图片来源:J R Masters et al., 2001

chang liver.png

(图片来源:ExPASy


而在“打假网站”PubPeer上,2021年7月份,有人对投稿在J Pharm Pharmacol .的一篇文章就实验使用Chang liver提出评论。评论人直接质疑Chang liver的细胞身份,以及文章数据、结论的可靠性。

chang liver pubpeer.png

(图片来源:PubPeer


2U87 

人胶质母细胞瘤细胞株U87最初是由瑞典乌普萨拉(Uppsala)大学在1968年建立的,源于恶性神经胶质瘤。作为当年参与乌普萨拉大学构建U87细胞株的一名科学家,Bengt Westermark及其团队在2016年发表文章指出,从ATCC购买到的U87细胞株与乌普萨拉大学当初建立的U87细胞株的STR分型完全不同,证实U87 ATCC并非来源于U87 Uppsala。虽然前者同样是人胶质母细胞瘤细胞,但其来源未知。目前,在科研圈广泛使用的商品化U87恰恰为U87 ATCC,最初的U87 Uppsala已经被污染。

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(图片来源:Marie Allen et al., 2016

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(图片来源:ExPASy

2019年,有人在PubPeer上对PLoS ONE.的一篇文章提出异议,其中就包括实验所用的U87的细胞身份问题。很快,作者就进行了回复,说明所用U87确为U87 ATCC,而非最初的人胶质母细胞瘤细胞株U87 Uppsala。

U87  Pubpeer.png

  (图片来源:PubPeer


3

 E006AA
E006AA细胞株是由美国路易斯安那州立大学健康科学中心Shahriar Koochekpour团队建立,并于2004年7月在The Prostate.发表文章。细胞株来源于一名50岁非洲裔的临床局限性前列腺癌患者,Shahriar Koochekpour等人对病人进行耻骨后根治性前列腺切除术时,获得培养细胞的癌组织。E006AA呈现雄激素依赖性生长特性;虽是肿瘤细胞株,但在裸鼠中未发现E006AA具有致瘤性。
 2019年,Shahriar Koochekpour团队在The Prostate.发表了一篇关于2004年7月发表的那篇文章的论文勘误,说明了E006AA实质为来源于一男性白人的肾腺癌细胞株786‐O的亚克隆,其被污染原因可能是E006AA早期传代培养时与786‐O混淆。

E006AA.png

(图片来源:S Koochekpour et al., 2019

E006AA EXPASY.png

(图片来源:ExPASy

根据这篇论文勘误,有人在PubPeer上也指出,Shahriar Koochekpour团队于2014年在Int J Biol Sci.发表的《Establishment and characterization of a highly tumorigenic African American prostate cancer cell line, E006AA-hT》也是有问题的。因为E006AA-hT是E006AA的子系,自然它也被786‐O污染了。

E006AA-hT.png

(图片来源:PubPeer


参考文献:

1. Apparent Hela cell contamination of human heteroploid cell lines. Nature. 1968 Feb 24;217(5130):750-1.

2. Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Jul 3;98(14):8012-7.

3. Long term culture of normal and neoplastic human gliaActa Pathol Microbiol Scand. 1968;74(4):465-86.

4. Origin of the U87MG glioma cell line: Good news and bad news. Sci Transl Med. 2016 Aug 31;8(354):354re3.

5. Establishment and characterization of a primary androgen-responsive African-American prostate cancer cell line, E006AAProstate. 2004 Jul 1;60(2):141-52.

6. Correction: Establishment and characterization of a primary androgen‐responsive African‐American prostate cancer cell line, E006AA. Prostate 2004;60(2):145‐152Prostate. 2019 May;79(7):815.


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