国际细胞系认证委员会 (ICLAC, International Cell Line Authentication Committee)于2012年成立。它的成立旨在提高学术圈对细胞鉴定的认知,帮助科研工作者减少对错误/被污染细胞系的使用。目前,与ICLAC合作的组织/机构有ATCC、Cellosaurus、CCTCC、ECACC、JCRB等多家细胞库或细胞系数据库,因此ICLAC发布的相关指南与建议十分具有权威性。
以下为ICLAC在2023年3月份发布的关于人源细胞STR鉴定的指南:
人源细胞鉴定指南
该指南规定了鉴定人源细胞时应遵循的基本步骤。
概要
1.将冻存细胞或提取的细胞DNA送至能够按照《人源细胞鉴定标准》开展STR鉴定工作的基因分型实验室。
2.将样本细胞的STR数据与主流细胞库或Cellosaurus数据库中的STR参考数据进行比对。至少需要分析13个STR核心位点。
3.与细胞库/数据库比对后,如果样本细胞和比对得出的细胞系的名称相同,且至少13个STR位点数据的匹配度超过80%,则样本细胞被认为来源于原始供体。不过,这并不意味着这种细胞系的所有样本都是源于原始供体。
4.如果不知道样本细胞的名称,而且其STR数据与细胞库/数据库中任何STR数据的匹配度都低于80%,这表明样本细胞的STR数据是唯一的,细胞库/数据库未收录其STR数据。
5.与细胞库/数据库比对后,如果得出了另外一株细胞系的名称(与样本细胞名称不一致),并且两者STR数据完全相同或匹配度超过80%,那么样本细胞就是错误的或者受到了交叉污染。
6.已知的错误/被污染细胞系已被列入ICLAC的错误识别细胞登记表(Register of Misidentified Cell Lines)。ICLAC提供了这些错误/被污染细胞系的详细信息,以便应对细胞鉴定工作中遇到的困难问题。
细胞鉴定的正确开始
通常,细胞系应从可靠和保密的渠道获取,例如公共的主流细胞库。如果一个运行中的实验室使用细胞系,那么在新项目开始之前就应该确认其细胞身份。在开始实验和鉴定细胞系之前,要先通过检索细胞系名称来检查细胞系是否存在问题。这可以通过Cellosaurus以及ICLAC的错误识别细胞登记表来实现,Cellosaurus提供了大量的细胞系信息,ICLAC的登记表则专门关注错误/被污染的细胞系。
Cellosaurus网站以及ICLAC登记表的最新版本可在以下网址获得:
https://www.cellosaurus.org
http://iclac.org/databases/cross-contaminations/
这一步骤会提醒我们细胞系是否存在的问题,这可能会帮我们节省大量的时间和精力。不是通过公共细胞库而进入实验室的新细胞系应每次都进行STR鉴定。
A 用于STR分型的起始材料
1.如果新建细胞系:
在新建细胞系时,将来自供体的生物材料冷冻在液氮中(部分活检组织、血细胞或口腔拭子),这些样本的DNA可以用来证明新细胞系来自于指定的供体。
2.对于新的科学项目
建议在实验工作开始和结束时对实验室已有的细胞系进行STR鉴定。实验室内部应在大批量细胞系的多个培养瓶平行冷冻后进行STR鉴定。细胞连续超过4个月培养或经历多次冻融循环而没有进行STR鉴定的,被认为是不良的细胞培养操作。
B STR数据的生成
如果STR检测是常规性工作,并且符合执行《人源细胞鉴定标准》的条件,那么才能在内部进行细胞STR鉴定。
对于外部供应商来说,在具有相应认证和质量保证的条件下,来提供快速可靠的鉴定服务也十分重要(关于国内的供应商,苏州鉴达就是已经取得CMA资质的专业提供细胞STR鉴定服务的检测机构)。供应商应提供符合鉴定标准的STR数据以及STR参考数据。
有些STR鉴定供应商要求提供细胞的基因组DNA,而有些供应商对冻存细胞或细胞基因组DNA都可以接收。因此,在准备样本细胞之前,务必与供应商确认下送样要求。
C 当得出STR分型结果如何处理数据:STR数据比对
通过对一组STR位点进行多重PCR扩增,来获得样本细胞的STR分型数据。STR位点的分型数据是由一系列数字组成,这些数字代表着样本细胞的每个位点的等位基因。例如,在一个“正常”细胞系(非癌症)中,如果所有的STR位点都是杂合的,则13个STR位点最多有26个数字(对应26个等位基因)。细胞系的STR鉴定至少需要13个STR核心位点和能够确定性别的Amelogenin位点。不过,男性来源的细胞系在培养过程中会经常丢失Y染色体,因此Amelogenin位点的性别确定只是起到指示性作用。
下一步就是将样本细胞的STR数据与参考数据进行比较:对于新建细胞系,参考数据应该是供体DNA的STR数据;而对于已有的细胞系,参考数据则是来自细胞库/数据库的STR数据,这些细胞系通常是由建系的实验室保存。《人源细胞鉴定标准》给出了解读细胞鉴定结果的指南。ICLAC还提供了一份工作表,总结了样本细胞STR数据与细胞库/数据库的STR参考数据进行比较时需要考虑的基本概念。
为了获得可靠的鉴定结果,应该与所有已有的STR数据进行比较。因此目前有多个广泛在用的细胞系数据库或细胞库。其中最常用的是:
CLASTR:https://www.cellosaurus.org/str-search/
ATCC:https://www.atcc.org/search-str-database
DSMZ: https://celldive.dsmz.de/str
备注:STR分型不能区分来源于同一供者的细胞系或亚克隆分离的细胞系。通常,来自同一个体的不同培养条件的细胞系STR数据可能会出现轻微差异。这可能是由于细胞的遗传漂变(即微卫星不稳定)或杂合子缺失导致的。因此,使用《人源细胞鉴定标准》推荐的符合性标准(比对至少13个STR位点时80 %为合规阈值)来解释部分样品细胞中的轻微变异是十分重要的。
D 如何处理错误的细胞系
如果STR鉴定显示一株细胞系是错误的,那么应立刻将该细胞系全部丢弃,并通知使用该细胞系的其他所有同事。
如果发现某一株细胞系存在交叉污染,通常可以发表“该细胞系被污染”这一发现。该细胞系如果仍在被广泛使用,而且你认为它已经没有真正的原始株,那么发表这一发现将会非常有效地提醒其他人不要继续该细胞系。
也请通过info@iclac.org联系ICLAC,以便核实该细胞系是否包含在错误识别细胞登记表中。
苏州鉴达(Genetic Testing Biotechnology, GTB)采用STR分型技术,针对人源细胞23个基因座、小鼠源细胞19个基因座(18个小鼠源基因座+1个人源基因座TH01)进行检测,3130XL型遗传分析仪进行毛细管电泳,与DSMZ、Cellosaurus、ATCC等数据库进行比对,出具权威英文报告,为全国近400家科研机构(高校、研究所、医院、公司)提供高质量服务,多家单位已利用鉴达细胞株鉴定服务在高水平期刊(如Clinical Cancer Research、Nature Commnications、Int J Cancer等)发表论文。
如需了解更多鉴达生物(Genetic Testing Biotechnology, GTB)相关细胞株鉴定信息,可扫码关注官方公众号。将本文转发至朋友圈(至少保留三天)。添加微信或QQ客服后,将朋友圈截图发给微信或QQ客服,并备注单位及课题组(示例:XX大学XX课题组)。后期可有两次机会享七五折优惠,原价1200元/株。微信:18112556907、QQ:2791427499
标注优惠政策:如客户在发表的高水平SCI论文(IF>10)中标注细胞株鉴定由我公司完成,我们承诺为客户免费检测两株细胞株。格式如下:The cell lines were characterized by Genetic Testing Biotechnology Corporation (Suzhou,China) using short tandem repeat (STR) markers.
Selected high quality publications using our cell line authentication