误区一:原代细胞系不需要做STR鉴定
原代细胞系也要进行STR鉴定。虽然原代细胞系在数据库中没有标准STR数据可以进行比对,但通过STR分型可以检测细胞系是否是数据库中其他已知的细胞系,这样能够间接表明细胞系的真实性;原代细胞系进行STR鉴定也可以确认细胞系是否存在交叉污染。另外,ICLAC(The International Cell Line Authentication Committee)提倡对新建立的原代细胞系或未被收录STR数据的细胞系进行STR分型、共享STR数据, 一来可以为同行们提供数据参考,二来可以有效控制细胞系的交叉污染和错误辨识。
误区二:细胞系进入实验室时做过STR鉴定,此后就不必再做
细胞系不管是来自于权威细胞库还是二次来源(实验室间的交换或购买),在进入实验室后第一时间就要进行STR鉴定以确认其身份。但这并不意味着可以一劳永逸,根据ICLAC、ATCC、IJC等机构的指南和建议,以下情况都必须进行细胞STR鉴定:1)刚获得的细胞系;2)实验项目开始前;3)细胞系传代次数超过5代以上;4)细胞系长期冻存后准备使用前;5)实验项目结束时或文章投稿前;6)细胞系表型出现任何变化时;7)新建立的细胞系;8)细胞系经历耐药实验后。
误区三:小鼠细胞系无法进行STR鉴定
目前,小鼠细胞系也可以进行STR鉴定。2017年,ATCC发布了可以检测9个小鼠STR位点的专利。2019年,多家权威机构又发布了18个小鼠STR位点的信息。Cellosaurus数据库定期更新有STR数据的小鼠细胞系,目前有107株小鼠细胞系的STR数据可以在Cellosaurus数据库查看。有了可检测的STR位点以及相关的参考STR数据,商品化小鼠STR分型试剂盒和提供小鼠STR鉴定服务的第三方检测机构陆续出现。作为国内最具权威性的细胞STR鉴定机构,苏州鉴达 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)的小鼠STR鉴定就可以检测18个位点。
(18个小鼠STR位点)
误区四:通过其他方法确认细胞系身份后,无需再做STR鉴定
其他方法如免疫细胞化学染色、核型分析、荧光原位杂交、DNA测序等都可以进行细胞鉴定。但是,STR分型是细胞鉴定的金标准方法,该方法在国际上已经形成统一标准。ATCC、ICLAC等机构都认定STR分型是鉴定细胞身份、检测细胞是否交叉污染的最有效、最准确的方法。因此,即便通过其他方法确认细胞系身份后,STR鉴定仍然需要做。
误区五:STR鉴定只能确认细胞系身份,无法检测是否存在交叉污染
细胞系进行STR分型的意义在于:1)通过与参考STR数据进行比对,能够确认细胞身份;2)STR分型数据能够直观地反映细胞系是否存在交叉污染。如果STR分型图谱显示,两个以上的STR位点同时出现多等位基因的现象,可判定细胞系存在交叉污染(特殊细胞系除外,如融合细胞系的标准STR数据就是多等位基因)。
(典型的交叉污染STR图谱)
误区六:通过STR鉴定可以确认所有细胞系的身份
在国内外各数据库中有标准STR数据的人源细胞系和小鼠细胞系,通过STR分型、比对参考数据能够确认细胞身份;对于原代细胞,如果有供体来源的STR数据,通过STR分型、比对参考数据也可以确认细胞身份。如果细胞系的STR数据未被数据库收录或没有供体来源的STR数据,这两类细胞系通过STR鉴定只能做到排他性以及确认是否存在交叉污染。
误区七:STR鉴定只需检测规定的核心位点即可
根据2011版《Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling》(ANSI/ATCC ASN-0002-2011)的建议,进行细胞STR鉴定时可比对的核心位点有8个常染色体位点(CSF1PO、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、TH01、TPOX、vWA)以及Amelogenin位点。新版的人源细胞STR鉴定标准(ANSI/ATCC ASN-0002-2021)规定,人源细胞进行STR鉴定时,应至少对13个核心位点(CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA)的数据进行计算、比对。进行STR数据比对时,一般比对规定的核心位点即可,但在实际的鉴定工作中,通常都会检测更多的STR位点。这是因为:1)一般商品化STR分型试剂盒所检测的位点数量都会比细胞系比对的核心位点数量要多;2)某些特殊的细胞系只比对核心位点可能无法确认其细胞身份,往往需要增加位点数量才能确定(详见“误区八”有关内容)。
误区八:所有细胞系只要匹配度>80%,就都可认定同源性
根据ANSI/ATCC ASN-0002的规定,一般认为样本细胞系和某一株细胞系的匹配度大于80%,即可认定为同源。但是实际上很多无关细胞系,单独比对9个或13个核心位点时匹配度都在 80-85%之间。对于这种情况,就不能简单的以“匹配度大于80%”的标准来认定,需要进一步综合考虑两个细胞系更多的STR位点数据以及相关的遗传信息和背景信息来确认是否为同源细胞系。
参考文献:
1.www.jsdna.org/cell
2.http://www.jsdna.org/mobile/information/xuz
3.Jamie L. Almeida et al., Authentication of Human and Mouse Cell Lines by Short Tandem Repeat (STR) DNA Genotype Analysis. Assay Guidance Manual. PMID: 23805434. Bookshelf ID: NBK144066.
4.Nicole Y Souren et al., Cell line authentication: a necessity for reproducible biomedical research. EMBO J.2022 Jul 18;41(14):e111307.
5.ICLAC, Guide to Human Cell Line Authentication.
6.Jamie L. Almeida al., Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines. PLoS One . 2019 Jun 20;14(6):e0218412.
苏州鉴达(Genetic Testing Biotechnology, GTB)采用STR分型技术,针对人源细胞23个基因座、小鼠源细胞19个基因座(18个小鼠源基因座+1个人源基因座TH01)进行检测,3130XL型遗传分析仪进行毛细管电泳,与DSMZ、Cellosaurus、ATCC等数据库进行比对,出具权威英文报告,为全国近500家科研机构(高校、研究所、医院、公司)提供高质量服务,多家单位已利用鉴达细胞株鉴定服务在高水平期刊(如Clinical Cancer Research、Nature Commnications、Int J Cancer等)发表论文。如需了解更多鉴达生物(Genetic Testing Biotechnology, GTB)相关细胞株鉴定信息,可扫码关注官方公众号。将本文转发至朋友圈(至少保留三天)。添加微信或QQ客服后,将朋友圈截图发给微信或QQ客服,并备注单位及课题组(示例:XX大学XX课题组)。后期可有两次机会享七五折优惠,原价1200元/株。微信:18112556907、QQ:2791427499
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